首先，DoS攻击有很多种，各个层都有自己的协议与服务，每个协议与服务都有可能受到DoS的攻击。目前我还没看到专门的文档专针对DoS攻击把防御方法进行说明。
不过可以根据下面的方法来作
How To Harden the TCP/IP Stack Against Denial of Service Attacks in Windows Server 2003
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;324270
此外可以参考Windows Server 2003 Security Guide
你可以下载后search DOS字样，将凡是针对DoS的防御方式作个记录。
http://www.microsoft.com/technet/security/prodtech/windowsserver2003/w2003hg/sgch00.mspx
最后。这些动作不是一劳永逸的。需要不断的更新。你可以定微软的TechNet News Flash，这是比较快的信息更新方式
http://www.microsoft.com/china/technet/newsletter/